Al fine di favorire al massimo le ricadute positive sul territorio e di facilitare la partecipazione ai programmi della cooperazione territoriale, l'impegno della Regione Molise si concretizza anche nel supporto e nell'assistenza agli enti territoriali e agli attori pubblici e privati del territorio regionale. Diversi sono i progetti che vedono coinvolti partner molisani, tra i principali: