Il Fascicolo Sanitario Elettronico offre una lunga serie di vantaggi per l'assistito. La sua alimentazione con tutti i documenti di tipo socio-sanitario, garantisce la tracciabilità della storia clinica del cittadino in qualunque momento e in qualunque luogo egli si trovi, in totale sicurezza. Infatti, anche in mobilità, il medico che prenderà in cura il paziente potrà accedere ai dati e ai documenti necessari per le finalità di cura, evitando che il paziente debba avere con sé tutti i documenti cartacei.
Il Fascicolo consente di avere un accesso unico alla storia clinica del paziente che contiene i referti, le prescrizioni, le lettere di dimissioni, ecc. Questo permette al medico di accedere alla documentazione dell'assistito necessaria per un'anamnesi senza la necessità che il paziente abbia con sé tutta la documentazione cartacea, evitando anche il rischio che qualche documento venga perso. L'assistito può avere la propria storia clinica disponibile in formato digitale in ogni momento e in qualunque luogo.
La possibilità di avere un accesso a tutti i dati e alla documentazione clinica dell'assistito, consente di evitare il ripetersi di analisi o altre prestazioni sanitarie evitando in questo modo spreco di denaro e di tempo per il cittadino.
Nei casi di emergenza la possibilità di accedere tempestivamente alle informazioni sullo stato clinico dell'assistito, fornendo ai medici di pronto soccorso le informazioni necessarie per un corretto intervento, permette di salvaguardare la salute dell'assistito.
La costituzione e l'alimentazione del FSE da parte delle regioni e province autonome dà luogo ad un trattamento dei dati personali ulteriore e distinto rispetto all'insieme dei trattamenti derivanti dall'erogazione all'assistito delle prestazioni sanitarie in relazione alle quali i dati sono stati acquisiti o prodotti. Le modalità di accesso (c.d. consenso alla consultazione) al FSE devono essere esplicitate dall'assistito mediante l'espressione di apposito consenso, reso a seguito della visione della relativa informativa. E' possibile esprimere il consenso alla consultazione on-line, accedendo direttamente al proprio FSE tramite SPID o carta d'identita elettronica CIE